Mohon untuk tidak mengupload file materi perkuliahan yang berbentuk pdf, ppt, doc, xls ke Blog Staff UMY -- Silahkan upload file-file tersebut ke E-Learning dari DNA hingga Analisis Sidik Jari.(Biomol pertemuan ke dua, kuliah Pascasarjana) – Andy eko wibowo

dari DNA hingga Analisis Sidik Jari.(Biomol pertemuan ke dua, kuliah Pascasarjana)

Chromosom, dna, antiprotein.

image

 

DNA merupakan penyusun kromosom. DNA berada dalam struktur kromosom yang terdapat didalam nukleus.

Gen merupakan fragmen dna didalam kromosom. Yang mengkode sesuatu protein adalah Gen,bukan DNA. DNA itu hanya pembawa sifat, tetapi yang memberikan sifat itu adalah protein.

DNA pada human ada di dalam mitokondria dan nukleus

 

 

Gen study

image Gen mengkode suatu sifat. Gen merupakan bagian didalam kromosom, struktur gen adalah DNA. Menyimpan semua informasi milik makluk hidup.

image DNA itu merupakan asam nukleat. Dan asam nukleat itu tidak hanya DNA, RNA juga asam nukleat. Tapi berbeda, karena RNA sigle straight, DNA double straigh. Yang berbeda lagi, protein, struktur asam nukleat dari rna di jadikan asam amino.

 

 

 

 

 

 

 

 

Nukleotida itu sperti apa :

Gambar DNA nukleotida…

clip_image001

Struktur kimia terdiri dari phophate, gula, dan nitrogens (basanya ada 4, adalah A, G, C dan T)

Adenine selalu dengan timin

Cytosine dengan guanine..

Merupakan aturan komplemen yang ada di DNA.

 

 

 

image

 

DNA Double Helix, base pairing nya hanya basa…gula membuat rankaian memanjang, dan basanya membuat komplement tadi.

purines : adenin, guanine,

Pirimidin :cytosin, timin

image 

 

Jumlah

Aturan Komplemen tidak hanya berisi tentang purines dan pirimidin yang berikatan ikatan hidrogen tidak hanya sama dengan yang sama (Adenine dan thymine 2 ikatan hidrogen, Guanine dan Cytosin 3 ikatan hidrogen), tetapi konformasinya (bentuknya juga harus sama )

Incompatibility conformasion

(gambar)

Tetapi pada suatu saat terjadi sintesis, memungkinkan terjadinya seperti ini shingga menyebabkan kelainan. Karena bentuknya tidak bagus seperti ini, akan dideteksi, suatu keajaiban karena selain dapat dideteksi juga ternyata diperbaiki. Perbaikannya bagaimana?yang diperbaiki yang baru atau yang lama?mesti yang diperbaiki yang baru. Kok bisa yang baru??pasti ada kode – kodenya.

Major goroves, dan minor grovoves…

(gambar)

clip_image004

Dari helik DNA, disitu kelihatan ada celah minor (kecil), ada celah yang gede(mayor…).ini sebetulnya konsekuensi dari struktur konformasi dari base pairing…dan disitu di pakai sebagai celah interaksi dengan protein maupun ligan – ligan lain yang bisa berinterasksi dengan DNA. Misal pada saat trakripsi harus ada enzim yagn mencopy DNA, untuk menajdi RNA, ada antibiotik yang bisar merusak DNA , dia masuknya lewat situ…mereka tidak bisa berinteraksi di gula, tetapi berinteraksi dengan basa. Jadi baik celah yang besar atau yang kecil, bisa masuk dimana saja.

image

Lalu didalam sel bakteri, DNA hanya satu molekul sirkuler tempatnya ada didalm sel. Didalm yeast ada didalam inti sel juga satu molekul. Didalam virus gimana?bukan makluk hidup. Tidak bisa berkembang biak jika tidak nunut sel lain. Virus itu DNA, atau RNA yang dibungkus oleh suatu protein.

DNA didalam human ada berapa??

image

Human Genom = DNA nukleus + DNA didalam mitokondria.. (fungsi di mitokondria apa??)

DNA di dalam nukleus itu kromosomnya lebih dari satu… banyaknya kromosom tadi tidak ada korelasinya dengan intelegency.

Jika kita mengisolasi DNA maka dari nukleus dan mitokondria

DNA di mitookondria hanya kecil, hanya tersusun dari 16, 5 kb circular DNA, tidak ada intron, dan hanya menyandi 37 gen (mengekspresikan 37 gen) ,.. Dan 24 dari 37 itu hanya mengkode RNA, tidak menjadi protein. Ada yang menjadi tRNA, mitokrondria ribosomal. Yang lain mengkode protein yang digunakan untuk respiratory complexes dan oxidative phospohorylation enzyme..

Yang pembawa sifat keriting, mata beru, kulit coklat itu bukan gen yang ada di mitokondria, namun Gen yang adaa didalam nukleus…Jumlahnya Ada 3200 Mb, dan 30-35000 genes didalam kromosom. Sturktur kromosm linear tidak circular.

1 gene ada 100 kb.. Banyak intronnya..apa itu intron??

Genes di human, transkripsikan individual, satu gen diekspresikan sendiri – sendiri, klo di bakteri 3 sampai 4 gen diekspresikan secara bersama – sama. Didalam kromosom tadi DNA tidak selalu semuanya gen. sebagian besar itu DNA yang diulang – ulang, atau repetitive Dna SEQUENCE.

Human Genome Organization

clip_image005

70 % bukan gen…yang bukan gen itu apa??itu adalah repeat sequence, ada yang unik or low copy number, dan moderate sampai tinggi yang diulang – ulang. Ini kok tidak dibutuhkan tapi kok ada..mesti ada sesuatu …..apa itu???

Repeat ini ada tandem (besar) ada yang di separation ..seperti virus ujung ujungnya ada repeat…

Yang 30 % gen tadi yang 10 % dari 30 % adalah coding DNA yang dijadikan RNA atau protein. Sedangkan 90 % non coding DNA, yakni intron, bagian yagn tidak ditranslate, pseudo gen (gen yang tidak berfungsi lagi), atau gnes fragment…inilah nanti yang akan di bahas kenapa orang bisa terjadi keterbelakangan, jadi penyakit genentik…

Hanya sebagain kecil yagn mengkode sifat sifat tadi…

Kenapa yang tRNA tidak menjadi protein??karena memang tidak ada signal yang nanti bisa dikenali oleh ribosome untuk tempat menempelnya ribosome (ribosome binding site). Karena ada aturannya suatu RNA menjadi protein ada aturannya…

Bakteri dan manusia, ribosome binding site nya berbeda, promotor untuk mengubah DNA menjadi RNA pun juga berbeda,, sehingga jika tidak ada rekayasa, maka DNA atau RNA bakteri dimasukkan manusia tidak mungkin akan terkekspresi.

Genetic Diversity

Satu indivudi dan induviu lainnya gen – gennya sama, strukturnya sama, gen gen fugnsional sama, tapi ada beberapa yagn berbeda, sedikit perbedaan di susunan nukleotida akan menghasilkn diversity suatu organisme satu dengan organisme lainna

Misal untuk sintesis DNA, DNA polimerasi pada manusia dan bakteri struktur berbeda. Untuk digradasi karbohidrat itu nama proteinnya sama, tetapi pada bakteri juga brbeda strukturnya dengan manusia. Klo pada manusia dan maunsia ada hitam dan putih, ada beberapa yang menghasilkan protein tadi berbeda seperti mata hitam, rambut biru, maka protein beda strukturnya…, tetapi utnuk protein yang tugas pokok/protein fungsional, masing –masing orang mempunyai protein itu sama…

AcGTGGCGCG…

Ini menghasilkan protein warna hitam..

Klo ditengahnya G nya itu bawaan dasarnya C, maka protein yang pengubah menjadi warna hitam tadi menjadi putih….

Antara tanaman satu dan tanaman yang lain masih ada hubungan kekerabantan g to..

Penyakit virus hewan, kok bisa menerang manusia????kenapa??

DNA yang panjang tadi, dia di packed dalam suatu histone…tapi klo bakteri tidak ada histone karena hanya kecil bulat, tidak dipacked dalam suatu inti, hanya di packed dalam RNA. Tapi pada manusia/mamalia ada histone. Histone adalah suatu protein yang terdiri dari 8 unit protein yagn dipakai untukk mengikat. Menjadi sangat kompak.tetapi sangat kompak tadi tidak berarti tidak bsia bergerak, dia diistilahkan bisa bernafas, artinya histon tadi bisa melonggar dan bisa ketat. Ikatannya bisa ketat, dan pada suatu saat harus terkespresi, maka ikatannya mjd longgar,. Sehingga bisa diekspresikan. Siapa yang melonggarkan histon??? Ada regulasinya, teracetalisasi dan tidak. Akan dibicarakan pada ekspresi. Kita harus tahu ?karena kita pakai sebagai target dalam menemukan obatnya..

Dengan mempelajari genomic, kita bisa membuat peta……human genome. Dekatnya gen insulin ada apa, dekatnya lagi ada apa lagi….lalu untuk apa ??

Dalam molekuler kesehatan, kita dapat mendeteksi, diagnosis suatu penyakit..dan posisi penyakit tadi..bisa mendesain obat berdasarkna informasi dari suquence tadi..obat yang spesifik dari suatu individu..pharmakogenomik

Untuk microbial geneome bisa mendeteksi patogen, bisa menghaslkan energi dari bakteri, meihgilangkan polutan dari bakteri..

Kita bisa mendeteksi predispositions dari suatu penyakit…Posisii genome cancer diaman sih, klo bisa mendeteksi, kita bisa mendesain suatu obat

Mempelajari antropologi, migrasi hewan..

Untuk identifikasi individu juga menggunakan DNA.

Apa yang ada di polutan tadi, identifikasi DNA. Untuk di lab lab yang misalnya ada limbah, diidentifkasi..caranya tidak ditumbuhkan, DNA di isolasi, di lihat dengan suatu detektor dengan pCR…lab- lab yang terakridasi sudah melakukan.

Makanan ini ada cemaran babi,bisa dideteksi secara molekuler..

Direkayasa padi yang tahan panas…tanah menajadi sempit, bagaimana menanam padi tidka di dalam tanah….

Gene Testing—kita melihat, misal bayi, masih dalam kandungan, orang tua punya keturunan penyakit genentik…cucu tadi bisa dites punya penyakit keturunan tadi seperti tadi, klo keterbelakangan…..sudah tahu..

Pharmacogenomincs, –> obat untuk masing – masing individu, bukan anak anak, dewasa, roang tua…

Gene therapy –klo ingin item, menjadi putih….pigmentasi kita…

Q

Genomes to life…identifkasi protein protein yang belum menghasilankan critickal fungsi hidup

Karakrterisasai gene regulasi

Fungsi dari komunitas yagn berhubuangan degnan invorement

Mendevelomment dengan komputasi sehingga bisa gambar diatas meja sebelum dilakukan penelitian

Hap map–untuk meilihat secara detail lagi agar tidak ada berluabang 0 lubabgn sampai desa desa kecil.

Publikasi tentang halal itu banyak–>tidak ada alkohol, ada babi atau tidak, ada lemak atau tidak…

Mengembangkan clean up strategis,—>memanfaatkan bakteri yang bisa mendeteksi logam, yang bisa mengikat logam…yang lebih panjang lagi mengstabilitaskan corbon dioxide yang bisa menangkap CO2., kontrol global warming…mereaksikan CO2 secara otomatis menjadi O2.

Increase biological soruce of fuels and elctricity..

Repeat sequence itu ternyata bermanfaat….karena kita bisa melihat sidik jari DNA kita didalam nya…

Kita lihat bahwa DNA itu sangat kecil untuk kita lihat, didalam mirkospop kita bisa melihat, tetapi untuk menganalisis kita perlu suatu sistem . ?hibridisasi, PCR, microarray…

Tapi klo mikroskop tidak bermakna apa apa…setiap orang memiliki DNA..setiap orang mempeunyai sesuatu yang sebetulnya coomon untuk semua spesies. DNA tadi diaman???

semua roganisme disusun dari sel, di dalam sel punya nukleus, didalam nukleus ada kromosom, kromosom tadi berpasang – pasangan, dan setiap jaringan mempunyai kromosom yang smaa untuk setiap individu…jaringan kulit, darah, dan lain – lain tediri dari pasang kromosom yang sama, tetapi dari jaringan tadi, bila diambil RNA, berbeda, proteinnya juga sama…

DNA sama, dijadikan protein yang berbeda pada masing – masing jaringan tadi…yang lain gimana??yang lain tidak diekspresikan…dalam bentuk yagn masih terikat dalam histon. Insulin hanya ada di pankreas.. Lalu dalam darah, giman??ya gen isnulin tidak diekspresikan, di ikat ketat dalam histon…

Jadi klo isolasi DNA semua sma, tapi klo rna atua protein itu tergantung dari jaringan yang aktif gennya…

Klo utnuk sidik jari biasanya diambil dari darah, akar rambut. Kenapa sidik jari?karena sidik jari ini bebreda untuk amsing masing setiap orang…

Klo DNA kita punya pola DNA yagn berbeda untuk setiap individu..gimana kita melihat kriminal…walaupun metode sangat korect, tetapi tergantung dari polisinya..bisa juga curang.. Karena yang diamati adalah polimormismenya.. Panjang pendek sequencenya.beda, tapi setiap keluarga anak dan orang tua mirip, ada yagn mmebawa sebagian punya bapak, dan ibu, dan sedikit modifkasi untuk anaknya..

Kok bis sseperti itu, karena kita bisa tahu sequence dari DNA, fragemn biru, merah, ungu adalah DNA…dan pada suatu saat itu kti amenemukan da suatu enzim yagn bisa memotong DNA, yakitu enzim erstriksi endonekluesa yang memotong spesifik pada daerah tertetnu.. Klo terjadi mutasi , misal yang hijau mutasi, maka enzim tidak bisa memotong..sehingga kita bisa memanfaatkan identifkasi kelainan suatu genetik…

Jadi klo kita mengisolasi DNA genome nya, kita potong dengan hijau, merah, maka akan diperoleh potongan yang tidak teratur…setelah itu dileketroforesis, dari yagn besar sampai yang kecil terus sampai kebawah..

Kemudian ini bedanya, yang hijau tadi kita bisa meilihat masing masing yang hijau segede ini, ada yang hijau kecil.. Kenapa ijo gede dan kecil, terjadi rekombinasi yang tidak seimbang.presentasi paper yang ada di internet….

Sehingga miss ellis DNA dan berbeda dengan Sara;s , setelah itu delektroforesis..DNA diberi warna supaya berflurosence…klo kita melihat kriminal, bercak apa, badningkan dengan yang dicurgiai…

clip_image006

Be the first to comment

Leave a Reply

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan.


*